Una excelente opción para viajar dentro de Costa Rica es mediante los vuelos locales regulares y los vuelos privados, los cuales representan un ahorro considerable de tiempo de viaje.

Existen dos líneas aéreas domesticas: SANSA y Nature Air. Ambas ofrecen vuelos regulares a los destinos turísticos más importantes, y también a Bocas del Toro en Panamá. Nature Air también brinda servicio a la Ciudad de Granada en Nicaragua durante la temporada alta, desde San José y Liberia. La sede central de SANSA es el aeropuerto internacional Juan Santamaría, mientras que Nature Air está en el aeropuerto Tobías Bolaños en Pavas, a pocos minutos del centro de San José.

SANSA posee seis aviones Cessna Grand Caravan 208B para un máximo de 12 pasajeros y sus vuelos diarios San José – Liberia – San José son operados en su avión ATR 42-300 con 46 asientos y más capacidad para el equipaje.

Nature Air cuenta con seis aeronaves Twin Otter Vistaliner. Estos son amplios, con una capacidad para 19 personas, aire acondicionado y conocidos como la limosina de los aviones para los tours aéreos. También ofrecen dos aviones Islander con una capacidad máxima de seis personas.

El peso máximo del equipaje no debe exceder las 25 libras por persona. El exceso de equipaje tendrá un costo adicional y será transportado de acuerdo a la capacidad de la aeronave. Los siguientes son los vuelos y rutas disponibles desde San José: Barra del Colorado, Bocas del Toro (Panamá), Coto 47, Bahía Drake, Granada (Nicaragua) por Nature Air, Golfito, Liberia, Limón, Nosara, Palmar Sur, Puerto Jiménez, Punta Islita, Quepos, Sámara, Tamarindo, Tambor y Tortuguero.

Los vuelos entre destinos (especialmente durante la temporada alta y sujeto a cambios):

• Quepos – Palmar Sur
• Puerto Jimenez – Bahía Drake
• Tamarindo – Liberia – Granada
• Arenal – Liberia – Granada
• Arenal – Liberia – Tamarindo
• Bocas del Toro – Limon
• Liberia – Tamarindo – Punta Islita